IDS（IDS製品及びIPS製品のIDSモード）ではネットワーク上の脅威を防御することはできません。
また、IDSモードを装備したIDSベースのIPS製品の運用は容易ではありません。従来のIDSモードでの運用により、脅威を検知・分析し防御設定を有効にするチューニングが必要です。この作業も、純正のフィルタはIDSベースであるため誤検知の可能性を残しており、そのままブロック設定を有効にすることができないケースや、カスタムフィルタなどの防御フィルタの自作（開発）まで必要となります。
このため多くのIPS製品は、自社運用が困難であり、マネージド・セキュリティ・サービスといった運用支援サービスとセットで利用するか、結局IPSとしては効果を出せず、相変わらずIDSとしてしか利用できない状況に陥り易くなります。